本学では、有為な研究者及び技術者を育成するため、大学や高等専門学校と推薦入学に関する協定を締結し信頼関係を築いて、協定校が人物及び学力共に優秀と認めて推薦する学生を受け入れています（協定校対象推薦入学特別選抜）。なお、本学は、専攻科を設置する国内全ての高等専門学校と推薦入学協定を締結しています。
高等専門学校（56校）
| 旭川工業高等専門学校 | 釧路工業高等専門学校 | 苫小牧工業高等専門学校 |
| 函館工業高等専門学校 | 八戸工業高等専門学校 | 一関工業高等専門学校 |
| 仙台高等専門学校 | 秋田工業高等専門学校 | 鶴岡工業高等専門学校 |
| 福島工業高等専門学校 | 茨城工業高等専門学校 | 小山工業高等専門学校 |
| 群馬工業高等専門学校 | 木更津工業高等専門学校 | 東京工業高等専門学校 |
| 東京都立産業技術高等専門学校 | サレジオ工業高等専門学校 | 長岡工業高等専門学校 |
| 富山高等専門学校 | 石川工業高等専門学校 | 福井工業高等専門学校 |
| 長野工業高等専門学校 | 岐阜工業高等専門学校 | 沼津工業高等専門学校 |
| 豊田工業高等専門学校 | 鈴鹿工業高等専門学校 | 近畿大学工業高等専門学校 |
| 鳥羽商船高等専門学校 | 舞鶴工業高等専門学校 | 大阪府立大学工業高等専門学校 |
| 神戸市立工業高等専門学校 | 明石工業高等専門学校 | 奈良工業高等専門学校 |
| 和歌山工業高等専門学校 | 米子工業高等専門学校 | 松江工業高等専門学校 |
| 津山工業高等専門学校 | 呉工業高等専門学校 | 徳山工業高等専門学校 |
| 大島商船高等専門学校 | 宇部工業高等専門学校 | 阿南工業高等専門学校 |
| 香川高等専門学校 | 新居浜工業高等専門学校 | 弓削商船高等専門学校 |
| 高知工業高等専門学校 | 広島商船高等専門学校 | 久留米工業高等専門学校 |
| 有明工業高等専門学校 | 北九州工業高等専門学校 | 大分工業高等専門学校 |
| 佐世保工業高等専門学校 | 熊本高等専門学校 | 都城工業高等専門学校 |
| 鹿児島工業高等専門学校 | 沖縄工業高等専門学校 |
大学（16校）
| 秀明大学 | 公立はこだて未来大学 | 国際基督教大学 |
| 立命館アジア太平洋大学 | 昭和女子大学 | 富山大学 |
| 金沢大学 | 津田塾大学 | 第一工科大学 |
| 第一薬科大学 | 大和大学 | 情報経営イノベーション専門職大学 |
| 長岡大学 | 三条市立大学 | 京都橘大学 |
| 東北文化学園大学 |
広報室学生募集係
E-mail：nyugaku@ml.jaist.ac.jp
内線：1966